Vanlige varianter

I humangenetikk viser en «variant» til et hvilket som helst sted i genomet der DNA-sekvensen er ulik mellom individer. Det finnes millioner av slike varianter, og de deles gjerne inn etter hvor hyppig de forekommer. Vanlige varianter er varianter som har en minor allelfrekvens (MAF), altså frekvensen av den mindre vanlige utgaven av varianten, på over 1 % til 5 % i en gitt befolkning. Den mest utbredte typen vanlig variant er enkeltnukleotidpolymorfisme (SNP), som er en endring i et enkelt DNA-basepar. Disse variantene er som regel svært gamle. De oppsto for tusenvis av år siden og har spredt seg vidt etter hvert som menneskepopulasjoner har vokst og migrert.

Vanlige varianter er en hjørnestein i menneskelig mangfold. De fleste har ingen påvisbar effekt på helse eller fysiske egenskaper. Noen kan likevel ha en subtil innvirkning på et individs kjennetegn eller mottakelighet for visse tilstander. I motsetning til sjeldne varianter, som kan ha store og deterministiske effekter og ofte forårsaker mendelske (enkeltgen-)sykdommer som cystisk fibrose, har vanlige varianter vanligvis svært små individuelle effekter. Innvirkningen på helse er ofte sannsynlighetsbasert. De øker eller reduserer risiko i liten grad, uten å direkte forårsake sykdom.

Studiet av vanlige varianter står sentralt i hypotesen om «vanlig sykdom, vanlig variant» (CDCV). Denne hypotesen hevder at vanlige og komplekse sykdommer som type 2-diabetes, koronar hjertesykdom og schizofreni påvirkes av den samlede effekten av mange vanlige genetiske varianter. Hypotesen undersøkes først og fremst gjennom genomvide assosiasjonsstudier (GWAS). I en GWAS skanner forskere genomene til tusenvis av individer. De sammenligner personer med en bestemt sykdom med personer uten, for å finne vanlige varianter som statistisk sett er hyppigere i den affiserte gruppen. Slike assosiasjoner kan peke ut gener og biologiske signalveier som er involvert i sykdommen, selv om det enkelte bidraget fra hver variant er lite.

For pasienter og allmennheten ligger betydningen av vanlige varianter i muligheten for risikoprediksjon og persontilpasset medisin. Ved å summere de små effektene av mange sykdomsassosierte vanlige varianter kan forskere beregne en polygen risikoskår (PRS). En PRS anslår et individs genetiske disposisjon for en bestemt tilstand. Denne informasjonen kan i prinsippet brukes til å tilpasse screeningintervaller, gi råd om livsstil eller iverksette forebyggende behandling. I tillegg bidrar identifiseringen av disse variantene til at forskere forstår den grunnleggende biologien bak vanlige sykdommer. Dette åpner nye veier for legemiddelutvikling. Det er likevel viktig å være klar over at vanlige varianter bare er én brikke i puslespillet. De forklarer kun en liten del av sykdommers arvelighet, og risikoen påvirkes i stor grad også av sjeldne varianter, miljøfaktorer og livsstilsvalg.